6区は5区のゴールである芦ノ湖から箱根登山鉄道風祭駅前の小田原中継所までの20.8km。国道1号最高地点まで上ったあとは一気に箱根時の下り坂へ。傾斜のきつい下り坂は箱根湯本駅まで続き、そこからもゴールである小田原中継所まで緩やかな下り坂が続く。ラスト3kmも下り坂ではあるが坂の勾配があまりにも違うため、ペース配分が鍵を握る。
日体大の記録
第90回(2014年)に鈴木悠介が58分51秒の記録を持つ。
区間記録
第87回(2011年)で駒沢大学の千葉 健太選手が58分11秒の記録を持つ。(参考記録)