パラリンピックの水泳は競泳のみで、ルールは基本的にはFINA(国際水泳連盟)のものと同じだが、障がいの種類や程度によって「ルールの例外」を設けている。
例えば、視覚障がいの選手の場合、ターンやゴールタッチの時に壁にぶつかってしまう危険があるので、コーチがタッピングバーという棒を使って選手の身体に触れ、壁の接近を知らせることが認められている。また、飛び込んでスタートすることが困難な選手には、水中からのスタートが認められている。
選手は障がいの種類や程度、運動機能によってクラス分けされ、クラスごとに競技を行う。