６区は５区のゴールである芦ノ湖から箱根登山鉄道風祭駅前の小田原中継所までの20.8km。国道1号最高地点まで上ったあとは一気に箱根時の下り坂へ。傾斜のきつい下り坂は箱根湯本駅まで続き、そこからもゴールである小田原中継所まで緩やかな下り坂が続く。ラスト3kmも下り坂ではあるが坂の勾配があまりにも違うため、ペース配分が鍵を握る。

日体大の記録

第82回（2006年）に鶴留雄太が59分10秒の記録を持つ。

1区｜2区｜3区｜4区｜5区｜6区｜7区｜8区｜9区｜10区