５区は最長、小田原中継所から芦ノ湖まで23.4km。小田原中継所と最高地点との標高差は864m。小田原中継所をスタートし、緩やかな上り坂をのぼり、箱根町へ。箱根湯本駅を越えると本格的な上り坂が現れる。約13kmの曲がりくねった山道は全コース最大の難所。国道1号最高地点を過ぎたあとは芦ノ湖畔までの急な下り坂、そして、そのあとの緩やかな下り坂を走り抜け、ゴールの芦ノ湖へ。

日体大の記録

第85回（2009年）に竹下正人が1時間20分02秒を記録。

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